楽しくて可愛いいたずらなエイリアン、スティッチの最新長編作品が登場！宇宙の様々な惑星で、謎の巨大タンクロケットによる自然の資源が盗まれる事件が勃発。地球ではユウナとブーグーが事件に巻き込まれ行方不明になる。ユウナを捜すスティッチたちの前に、銀河連邦の女性型情報解析ロボット“ティーラ”が事件の捜査協力を要請するため、宇宙船に乗ってやってきた。